遗传是先天性心脏病发生最常见的原因，这是因为疾病的性质较为相近，因此兄弟姐妹或者母体任何一方出现心脏病，那么都极有可能遗传给胎儿，其危险性高达10%。
孕妇在怀孕初期患有糖尿病，但未经过治疗，或者在妊娠早期接触到某种致畸药物，则都可能造成胎儿患上先天性心脏病。
孕早期是胎儿各器官形成和发育的关键时期，若是此时准妈妈受到流感、庖疹、风疹、麻疹等病毒感染，则会影响到胎儿发育，很有可能导致心脏发育畸形。所以，孕期有病毒感染的准妈妈应在孕中期时做胎儿心脏彩超检查，看胎儿是否有先天性心脏病。
孕期准妈妈有吸烟的习惯或丈夫经常吸烟，这些都可能造成胎儿畸形或小儿先心病发生。有研究表明，婴儿先心病发病率，吸烟母亲所生婴儿是不吸烟母亲的二倍。
另外，夫妻“酒后同房受孕”，会使胎儿染色体发生异常，生下患酒精中毒症的婴儿，大多数伴有心脏血管异常。
环境因素指妊娠前和妊娠中孕妇所处的环境，包括居住和工作环境。比如准妈妈长期接触有害的化学制品，包括苯、二氧化硫等有害气体和汞、镉等重金属，又或者接触了放射性辐射，都对胎儿有致畸作用，出现包括先天性心脏病在内的各种先天性畸形。
胎儿早产也是患有先天性心脏病的原因之一。
因为早产儿患室缺和动脉导管未闭者较多，前者与心室间隔在出生前无足够时间完成发育有关，后者与早产儿的血管收缩反应在出生后还不够强有关。据说，出生时体重在2500g以下的新生儿尤易患先天性心脏病。
孕妇年纪大也是导致胎儿患先天性心脏的原因之一。
因为高龄孕妇(35岁以上)孕育的胎儿易患法洛四联症、唐氏综合症等染色体疾病，患这些疾病的孩子大多都伴有心脏疾病。
